Uno de los mayores temas de interés para Holton fue el de la religión. Debemos considerar que él practicaba la religión protestante y en su estadía en la Nueva Granada siempre intentaba dilucidar como el catolicismo influía en los comportamientos de los neogranadinos.

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En sus observaciones sobre la religión siempre intenta mostrar el catolicismo como uno de los elementos nocivos a los cuales están sujetos los neogranadinos.